Siteye giren kullanıcıların ip adresini cookiye ata.
Cookie ile de kontrol ettir ve şöyle bir işlem yaptır. (Örnek olması açısından veriyorum)
if (!$_COOKIE["popup"]){
echo '
<script></script>
';setcookie("popup", true, time() + (60 * 60 * 24)); // 1 günlük cookie
}