En sağlamı arşivi yeni bir domain üzerinden yeniden yükleyip, eski siteye 301 çekmek.
Tüm 404 sayfaları 301 ile ana sayfaya yönlendirirseniz Google'daki hatalar kaybolur ama bu sefer ziyaretçi her seferinde aradığı konu yerine ana sayfaya yönleneceği için sayfayı terkedecek. Bu da hemen çıkma oranındaki yüksek sayıdan ötürü zaten Google sıralamalarında siteyi yok gibi bir hale getirecek.
Canonical işlemi önerirdin eğer bu kadar fazla sayıda index olmasa. Çünkü duplicate content sorunu da yaşayacaksınız.
Keşke hiç dokunmasaydınız ya da ilk versiyon dursaydı ve yeni versiyonu bambaşka bir domain üzerinden açıp 2 ayrı siteden sıralamaya girer ve ileride birini paravan kullanabilirdiniz.