Benim sitemde iframe virüsü ile karşılaştığımda;

Tüm dosyaları bilgisayarıma indirdim.
GrepWin adlı program ile gereksiz kodları bulup sildim.
Daha sonra antivirüs ile tüm dosyaları taradım.
Hosting hesabımı sildirim, yeniden açtırdım.
Temizlediğim dosyaları yeniden açılan hosting hesabıma yükledim.
Aradan uzunca bir zaman geçti, hiç bir sorun ile karşılaşmadım.

Belki yardımcı olur :)