FTP içeriğinin silinmesinin başka açıklaması olamaz. Dışarıdan illegal müdahale olmadığı sürece,

Ya Dosya Yolunuz Değişmiştir.
Ya O Sunucu Komple Hacklenmiştir.

Başka Açıklaması olamaz Malesef. Dosya yolu konusunda bilgi almanızı tavsiye ederim. Cunku bazı buyuk fırmalar Dosyaları Ayrı Sunucuda Verıtabanları Ayrı Sunucuda Maıllerı Ayrı Sunucuda Barındırıyor. Dıger Sunucuya Ek bır Dısk takıldıgında gözden kaçabiliyor dosya yolları.