web master tools www ayarlaması sadece site doğrulama içindir. (Alan adının görünmesi ile alakalı değildir)

Buradan yapacağınız işlemler "www site adi com" veya "siteadi com" olarak görünüp görünmemesiyle alakalı değildir.

Siteniz ücretli domain ve ücretli hosting üzerinde olsaydı alan adı dns üzerinden ayarlamanız gerekecekti.

Ücretsiz host veya blogger v.s. anlamıyorum :)