cPanel`e girerken sorun yaratır. Ancak siteip/cpanel şeklinde girerseniz sorun olmayacaktır. Girişlerde sorun yaşarsinız, site url üzerinden girildiği zaman sizi cPanel`den sürekli atacaktır. Bir çok ayar mevcut, biraz kurcalaman gerek.
Valla yıllardır cloudflare kullanıyorum ilk kez böyle bir şey duydum :D
Edit: Hiçbir sorun yaşanmaz cPanel vs. kullanımında gerekli ilk ayarları otomatik algılıyor. Onun dışında ilerde yapacağınız güncellemelerde eklemeler yapmanız gerekir, oda çok basit bir işlemdir 1 dakikanızı alır en fazla bildikten sonra.