Subdomain zaten ayrı site olarak algılanacak. Domain otoritesi farklı, sayfa otoritesi farklı olacak. Eğer ileride bir sebepten subdomain spam yer ya da farklı bir problem yaşarsa sıkıntı minimum olur ama ana site sorun yaşarsa subdomainin etkilenme şansı daha fazla olur.
Eğer ana sitenin alt klasörü olarak açarsanız, ana site otoriterleştikçe bu alt klasöre de yansır. Sıralamada güçlenir. Yine de birbirinden ayrışmış olmaz ama. Maksadınız ayrıştırmak yazdığınıza göre.
En temizi iki ayrı site kurup, ileride birinden diğerine link çıkışı yaparak (6 ay - 1 sene arası) birinin diğerini beslemesini sağlayabilirsiniz.
Şöyle de bir avantaj olur. Kategori aynı ve birbiriyle bağlantılıysa, sıralamada her iki domainle de yer alarak ekstra avantaj sağlarsınız.