Wordpress'i epeydir kullanmıyorum ama url yapısını aynı şekilde ayarlama şansın var sanırım. Url, meta tagler ve içerik aynı kaldığı sürece wordpress'e de geçsen sayfayı düz html olarak da yayınlasan SEO açısından hiçbir etkisi olmaz.

Ancak yeni temanın html yapısı temiz değilse sorun çıkabilir. Örneğin eski scriptte h1 etiketi ile girilen başlık yeni temada farklı etiketle girilirse seo açısından etkisi olur.

İkinci olarak, url yapısını koruyamıyorsan dahi yeni yazılıma sorunsuz geçmek mümkündür. Tüm sayfaları düzgün şekilde yeni url'ye 301 ile yönlendirirsen yine sorunsuz geçiş yapabilirsin. Yani wordpress'e geçtikten sonra yukarıdaki url'ye tıklandığında sayfa başarıyla yeni url'ye yönlenmelidir, 404 vermemelidir.

Ama dediğim gibi ilk olarak url yapısını ve içeriği aynen geçirmeye çalış. Url farklı olacaksa işin biraz daha zahmetli olacaktır ve ufak da olsa bir risk vardır.