Default olarak geriye kalan sütunlardaki verileri değiştiren bir kod var mı bilmiyorum ama hepsini sıfır yapıp işinize yarayanları 1 yapabilirsiniz.
Sırasıyla;


UPDATE tablo_adi SET id ='0';
UPDATE tablo_adi SET id ='1' WHERE referans_kolon=1 or referans_kolon=3;