Yukarıda bahsedildiği gibi htaccess ile 301 yönlendirmesi yaptıktan bir süre sonra google otomatik olarak yeni linkleri, eski linklerin yerine getiriyor. Bizzat kendi sitemde denedim bu durumu. Sıralama yer değişince de google.com/webmasters'dan url'leri kaldır seçeneği ile .php uzantılı url'leri google'dan kaldırdım.