Sitenizi barındırdığınız sunucu hosting mi? size mi ait? Hosting ise sizin yapabileceğiniz birşey değil sunucu size aitse oldukça zahmetli bir iştir, ffmpeg ve çalışabilmesi için gereken codecleri ve ayarları yapılandırmak.

İnternette şöyle birşey var 50$'a otomatik kurulum: http://ffmpeginstaller.com/

fakat kullanmadığım için çalışırlığı konusunda birşey söyleyemeyeceğim.