Merhaba root yetkiniz olmalı yetkiniz varsa kurulumu çok kolay
http://www.ioncube.com/loaders.php

Buradan Loader Wizard ı indirip kurun programı çalıştırıp root bilgilerinizi girin sunucu özelliklerinize göre en uygun ioncube yi kendisi kurar resmi sitesinden resmi programıdır.