ssh tabanlı bir sunucunun ana dizinine ioncube kurmadıysanız sorunuzun cevabı evet.

Yani daha açık şekilde bir önceki ioncube sitenin public_html içerisine atıp kurduysanız aynı şekilde yeni sitenin public_html içerisine atarak kurulum yapmanız gerekmektedir.