* Geçersiz dosya isimleri.
* Dosyaların “herkes tarafından” yazılabilir olması. PHP dosyalalarında en yaygın sorundur. Normal durumlarda PHP dosyalarının izinleri 775’ten büyük olmamalıdır. Ana dizinlerin ve klasörlerin izinleri de doğru şekilde ayarlanmalıdır.
* İçerik yönetim sistemlerinin (WordPress, Joomla vb.), forumların, blogların vb. uygulamaların manuel kurulumu sonrasında dosya izinlerinin geçersiz şekilde yapılandırılması.
* .htaccess dosyasının yanlış yapılandırılması.
* Uygulamalarda ve yazılımlardaki yanlış komutlar veya kodlama hataları.