css/style.css 152. satırda bulunan .navbar class'ına verilmiş olan min-height:100% tanımlamasından dolayı menünüz tüm ekranı kaplıyor. Fixed menünüz aktif olduğu zaman bu özelliği silmeniz gereklidir.

Böylelikle sorununuz çözülecektir.
İyi forumlar. Diğer projelerinizde de başarılar dilerim.