Epey vakit geçmiş ancak cevapsız kalmasın.

Sorduğun soru biraz garip. Belli ki hiç araştırma yapmadan açmışsın konuyu. https://www.google.com.tr/?gfe_rd=cr&ei=xKcQV6iSBKXY8AfY04HQBg&gws_rd=ssl#q=java+ile+mysql+i%C5%9Flemleri gibi basit bir arama ile bile yeterince Türkçe sonuç çıkıyor.

Mysql ya da diğer ilişkisel veritabanları işlemleri için Java'da JDBC adlı bir API kullanılır. Hibernate, EclipseLink gibi ORM araçları dahi, bu API'yi kullanır. Herhangi bir veritabanı aracı kullanmadan da direkt SQL sorguları çalıştırabilirsin JDBC ile.

JavaDoc için: https://docs.oracle.com/javase/8/docs/technotes/guides/jdbc/
Türkçe bir kaynak için: https://blog.kodcu.com/2012/12/jdbc-ile-mysql-baglantisi/
adreslerine göz atabilirsin.