Merhaba Hocam...
Öncelikle dediğin gibi Woocommerce bunu manuel yapmana izin veriyor.
Woocommerce>Siparişler>İptal edilen siparişi düzenle>Alt kısımda ürünün üzerine tıkladığında aşağı doğru bir alan açılıyor. Oradan Increase Stock diyerek stok durumunu düzeltebilirsin. Henüz kendim denemedim ama şöyle bir plug-in çıkarmışlar umarım işine yarar. https://wordpress.org/plugins/woocommerce-auto-restore-stock/