TolgaYılmaz o .js dosyaları fonksiyonuna otomatik olarak wordpress scripti tarafından yazılıyo yani header.php ile alakalı değil

cgrclk nette bulduğum bu kodu functions.php ye ekleyerek hallettim


function my_init()
{
if (!is_admin())
{
wp_deregister_script('jquery');
wp_enqueue_script('jquery');
}
}
add_action('init', 'my_init');