Sunucuyu değiştir, siteyi barındırdığınız sunucular kalitesiz ise sunucuya shell atmış olabilir.
Bir de; wordpress veya aşka hazır yazılım kullanıyorsan kodlarında oynama yapılmış olabilir, tek tek göz atarak, gerekirse yeniden yükleyerek dosyalarını kontrol et. Özellikle yönetici dosyaları, header, footer, login .php dosyaları.

Belki de biri girmemiştir, sana öyle geliyordur.