WordPress JavaScript Dosyalarını Footera Taşımak adlı yazımda detaylıca yol göstermiştim bu problem için.

Her tema her yazılım buna izin vermeyebilir, doğru çalışmayabilir. Bunlar çok olası şeyler ama yazıda anlatılanları dikkatlice yaparsanız faydasını göreceksiniz. Functions dosyası ile yapılan kısım muhtemelen sayfada bazı bozulmalara sebep olacaktır. Çünkü o her temayla düzenli çalışmaz. Ancak w3 ile yapılan kısmı adım adım dikkatlice uygularsanız problemden kurtulursunuz :) Kolaylıklar.