Güvenlik içinde pdo daha iyi diyebilirim.
Ek Olarak:
pdo & mysqli, sql enjeksiyonunu engellemek üzere yazılan kütüphaneler zaten. mysql dışında başka bir veritabanı kullanmak isteyen pdo'yu tercih edebilir, buna nazaran mysqli sadece mysql'i desteklemekte sizinde bildiğiniz üzere. burda da hız konusu devreye giriyor; mysqli bir kat daha hızlı. kısacası bir fark yok ikisi arasında.
Siz hangisini kullnaıyorsunuz ?