Hortlatayın konuyu belki başka birileri de bu hatayı alırda delirir.
olay aslında çok basit bir sebepten kaynaklanıyor, myadmin de kendi içinde mysql den veri çekerek çalışması gerekiyor, bununda çözümü gerçi 4.6.4 de mevcut iki tık ile iş halloluyor ama versiyon yükseltemeyenler olabilir ben gibi.

Genede ;
config ile felan hiç bir ilgisi yok durumun bunu belirteyim öncelikle.
phpmyadmin adında bir veritabanı oluşturmak burası epey uzun olacağından bende mevcut olanı paylaşıyorum aşağıda içeriğin tamamına ulaşabilirsiniz. .

https://yadi.sk/d/L3YP2DWMwKQGt buradan gerekli dosyayı indirebiliyorsunuz.




-- phpMyAdmin SQL Dump
-- version 4.6.4
-- https://www.phpmyadmin.net/
--
-- Anamakine: localhost
-- Üretim Zamanı: 05 Eki 2016, 02:31:51
-- Sunucu sürümü: 5.5.49
-- PHP Sürümü: 7.0.7

SET SQL_MODE = "NO_AUTO_VALUE_ON_ZERO";
SET time_zone = "+00:00";


/*!40101 SET @OLD_CHARACTER_SET_CLIENT=@@CHARACTER_SET_CLIENT */;
/*!40101 SET @OLD_CHARACTER_SET_RESULTS=@@CHARACTER_SET_RESULTS */;
/*!40101 SET @OLD_COLLATION_CONNECTION=@@COLLATION_CONNECTION */;
/*!40101 SET NAMES utf8mb4 */;

--
-- Veritabanı: `phpmyadmin`
--

-- --------------------------------------------------------

--
-- Tablo için tablo yapısı `pma__bookmark`
--

CREATE TABLE `pma__bookmark` (
`id` int(11) NOT NULL,
`dbase` varchar(255) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`user` varchar(255) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`label` varchar(255) CHARACTER SET utf8 NOT NULL DEFAULT '',
`query` text COLLATE utf8_bin NOT NULL
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_bin COMMENT='Bookmarks';

-- --------------------------------------------------------

--
-- Tablo için tablo yapısı `pma__central_columns`
--

CREATE TABLE `pma__central_columns` (
`db_name` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`col_name` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`col_type` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`col_length` text COLLATE utf8_bin,
`col_collation` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`col_isNull` tinyint(1) NOT NULL,
`col_extra` varchar(255) COLLATE utf8_bin DEFAULT '',
`col_default` text COLLATE utf8_bin
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_bin COMMENT='Central list of columns';

-- --------------------------------------------------------

--
-- Tablo için tablo yapısı `pma__column_info`
--

CREATE TABLE `pma__column_info` (
`id` int(5) UNSIGNED NOT NULL,
`db_name` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`table_name` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`column_name` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`comment` varchar(255) CHARACTER SET utf8 NOT NULL DEFAULT '',
`mimetype` varchar(255) CHARACTER SET utf8 NOT NULL DEFAULT '',
`transformation` varchar(255) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`transformation_options` varchar(255) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`input_transformation` varchar(255) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`input_transformation_options` varchar(255) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT ''
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_bin COMMENT='Column information for phpMyAdmin';

-- --------------------------------------------------------

--
-- Tablo için tablo yapısı `pma__designer_settings`
--

CREATE TABLE `pma__designer_settings` (
`username` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`settings_data` text COLLATE utf8_bin NOT NULL
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_bin COMMENT='Settings related to Designer';

-- --------------------------------------------------------

--
-- Tablo için tablo yapısı `pma__export_templates`
--

CREATE TABLE `pma__export_templates` (
`id` int(5) UNSIGNED NOT NULL,
`username` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`export_type` varchar(10) COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`template_name` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`template_data` text COLLATE utf8_bin NOT NULL
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_bin COMMENT='Saved export templates';

-- --------------------------------------------------------

--
-- Tablo için tablo yapısı `pma__favorite`
--

CREATE TABLE `pma__favorite` (
`username` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`tables` text COLLATE utf8_bin NOT NULL
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_bin COMMENT='Favorite tables';

-- --------------------------------------------------------

--
-- Tablo için tablo yapısı `pma__history`
--

CREATE TABLE `pma__history` (
`id` bigint(20) UNSIGNED NOT NULL,
`username` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`db` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`table` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`timevalue` timestamp NOT NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP,
`sqlquery` text COLLATE utf8_bin NOT NULL
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_bin COMMENT='SQL history for phpMyAdmin';

-- --------------------------------------------------------

--
-- Tablo için tablo yapısı `pma__navigationhiding`
--

CREATE TABLE `pma__navigationhiding` (
`username` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`item_name` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`item_type` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`db_name` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`table_name` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_bin COMMENT='Hidden items of navigation tree';

-- --------------------------------------------------------

--
-- Tablo için tablo yapısı `pma__pdf_pages`
--

CREATE TABLE `pma__pdf_pages` (
`db_name` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`page_nr` int(10) UNSIGNED NOT NULL,
`page_descr` varchar(50) CHARACTER SET utf8 NOT NULL DEFAULT ''
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_bin COMMENT='PDF relation pages for phpMyAdmin';

-- --------------------------------------------------------

--
-- Tablo için tablo yapısı `pma__recent`
--

CREATE TABLE `pma__recent` (
`username` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`tables` text COLLATE utf8_bin NOT NULL
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_bin COMMENT='Recently accessed tables';

--
-- Tablo döküm verisi `pma__recent`
--

INSERT INTO `pma__recent` (`username`, `tables`) VALUES
('root', '[{"db":"phpmyadmin","table":"pma__bookmark"},{"db":"phpmyadmin","table":"pma__usergroups"},{"db":"phpmyadmin","table":"pma__users"},{"db":"phpmyadmin","table":"pma__central_columns"}]');

-- --------------------------------------------------------

--
-- Tablo için tablo yapısı `pma__relation`
--

CREATE TABLE `pma__relation` (
`master_db` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`master_table` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`master_field` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`foreign_db` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`foreign_table` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`foreign_field` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT ''
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_bin COMMENT='Relation table';

-- --------------------------------------------------------

--
-- Tablo için tablo yapısı `pma__savedsearches`
--

CREATE TABLE `pma__savedsearches` (
`id` int(5) UNSIGNED NOT NULL,
`username` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`db_name` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`search_name` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`search_data` text COLLATE utf8_bin NOT NULL
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_bin COMMENT='Saved searches';

-- --------------------------------------------------------

--
-- Tablo için tablo yapısı `pma__table_coords`
--

CREATE TABLE `pma__table_coords` (
`db_name` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`table_name` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`pdf_page_number` int(11) NOT NULL DEFAULT '0',
`x` float UNSIGNED NOT NULL DEFAULT '0',
`y` float UNSIGNED NOT NULL DEFAULT '0'
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_bin COMMENT='Table coordinates for phpMyAdmin PDF output';

-- --------------------------------------------------------

--
-- Tablo için tablo yapısı `pma__table_info`
--

CREATE TABLE `pma__table_info` (
`db_name` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`table_name` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT '',
`display_field` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT ''
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_bin COMMENT='Table information for phpMyAdmin';

-- --------------------------------------------------------

--
-- Tablo için tablo yapısı `pma__table_uiprefs`
--

CREATE TABLE `pma__table_uiprefs` (
`username` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`db_name` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`table_name` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`prefs` text COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`last_update` timestamp NOT NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP ON UPDATE CURRENT_TIMESTAMP
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_bin COMMENT='Tables'' UI preferences';

-- --------------------------------------------------------

--
-- Tablo için tablo yapısı `pma__tracking`
--

CREATE TABLE `pma__tracking` (
`db_name` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`table_name` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`version` int(10) UNSIGNED NOT NULL,
`date_created` datetime NOT NULL,
`date_updated` datetime NOT NULL,
`schema_snapshot` text COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`schema_sql` text COLLATE utf8_bin,
`data_sql` longtext COLLATE utf8_bin,
`tracking` set('UPDATE','REPLACE','INSERT','DELETE','TRUNCATE','CREATE DATABASE','ALTER DATABASE','DROP DATABASE','CREATE TABLE','ALTER TABLE','RENAME TABLE','DROP TABLE','CREATE INDEX','DROP INDEX','CREATE VIEW','ALTER VIEW','DROP VIEW') COLLATE utf8_bin DEFAULT NULL,
`tracking_active` int(1) UNSIGNED NOT NULL DEFAULT '1'
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_bin COMMENT='Database changes tracking for phpMyAdmin';

-- --------------------------------------------------------

--
-- Tablo için tablo yapısı `pma__userconfig`
--

CREATE TABLE `pma__userconfig` (
`username` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`timevalue` timestamp NOT NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP ON UPDATE CURRENT_TIMESTAMP,
`config_data` text COLLATE utf8_bin NOT NULL
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_bin COMMENT='User preferences storage for phpMyAdmin';

-- --------------------------------------------------------

--
-- Tablo için tablo yapısı `pma__usergroups`
--

CREATE TABLE `pma__usergroups` (
`usergroup` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`tab` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`allowed` enum('Y','N') COLLATE utf8_bin NOT NULL DEFAULT 'N'
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_bin COMMENT='User groups with configured menu items';

-- --------------------------------------------------------

--
-- Tablo için tablo yapısı `pma__users`
--

CREATE TABLE `pma__users` (
`username` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL,
`usergroup` varchar(64) COLLATE utf8_bin NOT NULL
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_bin COMMENT='Users and their assignments to user groups';

--
-- Dökümü yapılmış tablolar için indeksler
--

--
-- Tablo için indeksler `pma__bookmark`
--
ALTER TABLE `pma__bookmark`
ADD PRIMARY KEY (`id`);

--
-- Tablo için indeksler `pma__central_columns`
--
ALTER TABLE `pma__central_columns`
ADD PRIMARY KEY (`db_name`,`col_name`);

--
-- Tablo için indeksler `pma__column_info`
--
ALTER TABLE `pma__column_info`
ADD PRIMARY KEY (`id`),
ADD UNIQUE KEY `db_name` (`db_name`,`table_name`,`column_name`);

--
-- Tablo için indeksler `pma__designer_settings`
--
ALTER TABLE `pma__designer_settings`
ADD PRIMARY KEY (`username`);

--
-- Tablo için indeksler `pma__export_templates`
--
ALTER TABLE `pma__export_templates`
ADD PRIMARY KEY (`id`),
ADD UNIQUE KEY `u_user_type_template` (`username`,`export_type`,`template_name`);

--
-- Tablo için indeksler `pma__favorite`
--
ALTER TABLE `pma__favorite`
ADD PRIMARY KEY (`username`);

--
-- Tablo için indeksler `pma__history`
--
ALTER TABLE `pma__history`
ADD PRIMARY KEY (`id`),
ADD KEY `username` (`username`,`db`,`table`,`timevalue`);

--
-- Tablo için indeksler `pma__navigationhiding`
--
ALTER TABLE `pma__navigationhiding`
ADD PRIMARY KEY (`username`,`item_name`,`item_type`,`db_name`,`table_name`);

--
-- Tablo için indeksler `pma__pdf_pages`
--
ALTER TABLE `pma__pdf_pages`
ADD PRIMARY KEY (`page_nr`),
ADD KEY `db_name` (`db_name`);

--
-- Tablo için indeksler `pma__recent`
--
ALTER TABLE `pma__recent`
ADD PRIMARY KEY (`username`);

--
-- Tablo için indeksler `pma__relation`
--
ALTER TABLE `pma__relation`
ADD PRIMARY KEY (`master_db`,`master_table`,`master_field`),
ADD KEY `foreign_field` (`foreign_db`,`foreign_table`);

--
-- Tablo için indeksler `pma__savedsearches`
--
ALTER TABLE `pma__savedsearches`
ADD PRIMARY KEY (`id`),
ADD UNIQUE KEY `u_savedsearches_username_dbname` (`username`,`db_name`,`search_name`);

--
-- Tablo için indeksler `pma__table_coords`
--
ALTER TABLE `pma__table_coords`
ADD PRIMARY KEY (`db_name`,`table_name`,`pdf_page_number`);

--
-- Tablo için indeksler `pma__table_info`
--
ALTER TABLE `pma__table_info`
ADD PRIMARY KEY (`db_name`,`table_name`);

--
-- Tablo için indeksler `pma__table_uiprefs`
--
ALTER TABLE `pma__table_uiprefs`
ADD PRIMARY KEY (`username`,`db_name`,`table_name`);

--
-- Tablo için indeksler `pma__tracking`
--
ALTER TABLE `pma__tracking`
ADD PRIMARY KEY (`db_name`,`table_name`,`version`);

--
-- Tablo için indeksler `pma__userconfig`
--
ALTER TABLE `pma__userconfig`
ADD PRIMARY KEY (`username`);

--
-- Tablo için indeksler `pma__usergroups`
--
ALTER TABLE `pma__usergroups`
ADD PRIMARY KEY (`usergroup`,`tab`,`allowed`);

--
-- Tablo için indeksler `pma__users`
--
ALTER TABLE `pma__users`
ADD PRIMARY KEY (`username`,`usergroup`);

--
-- Dökümü yapılmış tablolar için AUTO_INCREMENT değeri
--

--
-- Tablo için AUTO_INCREMENT değeri `pma__bookmark`
--
ALTER TABLE `pma__bookmark`
MODIFY `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT;
--
-- Tablo için AUTO_INCREMENT değeri `pma__column_info`
--
ALTER TABLE `pma__column_info`
MODIFY `id` int(5) UNSIGNED NOT NULL AUTO_INCREMENT;
--
-- Tablo için AUTO_INCREMENT değeri `pma__export_templates`
--
ALTER TABLE `pma__export_templates`
MODIFY `id` int(5) UNSIGNED NOT NULL AUTO_INCREMENT;
--
-- Tablo için AUTO_INCREMENT değeri `pma__history`
--
ALTER TABLE `pma__history`
MODIFY `id` bigint(20) UNSIGNED NOT NULL AUTO_INCREMENT;
--
-- Tablo için AUTO_INCREMENT değeri `pma__pdf_pages`
--
ALTER TABLE `pma__pdf_pages`
MODIFY `page_nr` int(10) UNSIGNED NOT NULL AUTO_INCREMENT;
--
-- Tablo için AUTO_INCREMENT değeri `pma__savedsearches`
--
ALTER TABLE `pma__savedsearches`
MODIFY `id` int(5) UNSIGNED NOT NULL AUTO_INCREMENT;
/*!40101 SET CHARACTER_SET_CLIENT=@OLD_CHARACTER_SET_CLIENT */;
/*!40101 SET CHARACTER_SET_RESULTS=@OLD_CHARACTER_SET_RESULTS */;
/*!40101 SET COLLATION_CONNECTION=@OLD_COLLATION_CONNECTION */;