Sorun çözüldü. FTP tüm dosyalar silindi. Yeniden orjinallari yüklendi. (wordpress, tema, eklenti)
wp content klasörü taranıp geri yüklendi. Google webmaster tools yeniden inceleme isteği gönderildi ve bu işlemler ile 3 gün içerisinde site tekrar index almaya ve güvenli site olarak görünmeye başladı. Ama benim yazım hazirandaydı ve o anda temizlendi. Yani 4 aydır bir sıkıntı yok. Virüs büyük ihtimalle filezilla ile girmiş bundan dolayı tüm yükleme işlemleri WebFTP ile online olarak yapıldı.