SEO açısından sorun oluştururmu bilmem fakat header.php'yi sonradan çektiğiniz içi site açılırken css dosyalarını da sonradan görecektir. Yani siteniz açılırken çok kısa bir süre tasarım bozukluğu yaşayabilir. Sonrasında css dosyaları çağırılınca düzelecektir.