iç içe çok fazla boyut belirlemişsin,

.td-container {
width: 1068px;
margin-right: auto;
margin-left: auto;
}
.td-header-main-menu {
position: relative;
z-index: 999;
padding-right: 48px;
}
.td-header-style-5 #td-header-menu {
min-height: 50px;
}
td-header-menu-wrap-full e baktığımda,
element.style {
height: 50px;
}

Buradaki bütün padding, margin min height veya width, font size değerleri toplamı etkiler hatta varsa line height bile etkiler.

birde td-top-mobile-toggle gibi bir şey gördüm responsive tasarımda mobil için bir css class ı tanımlamana gerek yok, belki onun için değildir ama ben öyle algıladım ismi gereği.

@media değerleri için http://trbootstrap.com/css/ deki değerleri göz önünde bulundurmanı öneririm.