Tüm sayfaların birden siteye yüklenmesi sorun olmaz. Asıl sorun sayfalar arası benzerlik.
Tüm sayfaları yayınlamanın neden sorun etmeyeciğini de, farz edin bir yedeğiniz vardı bunu yüklediniz. Veya siteniz saldırıya ugradı siz farkında olmadan robots.txt dosyasına noindex eklenmiş. Siz bunu düzelttiğinizde sayfalar dizine eklenmeye başlayacaktır zaten ( Bu örnek başıma geldiği için verdim)

Sizin 1000 sayfayı yayına sokmanız, bu sayfaların hemen dizine ekleneceği anlamına gelmiyor zaten. Bu nedenle sizin asıl probleminiz benzer içerik. ve %20 çok ciddi bir oran. Googlenın de bunu affedeceğini sanmıyorum. Hele ki site henüz yeni, herhangi bir otoritesi olmayan siteyse.