Tural Abiyev hocamız sağoslun yardımcı olmuştu. Sorunun çözümü;
# Wordpress permalinks
if (!-e $request_filename) {
rewrite ^(.*)$ /index.php?q=$1 last;
break;
}direktifini eklemek. Veya ters proxy ile apache ve nginxi aynı anda çalıştırıp htaccess dosyasını okutmak..