gorkemaslan hocam bunla alakalı şunu yapabilirsiniz. 404 yönlendirmesi yapınız. Yani tema klasörünüz içerisindeki 404.php dosyasını 404_yedek.php diyerek kaydedin. Daha sonra yeni bir 404.php dosyası açıp içine şu kodları ekleyin.

header("HTTP/1.1 301 Moved Permanently");
header("Location: ".get_bloginfo('url'));
exit();
?>

Bu şekilde kaydedin ve yine tema klasörünüz içine atın. Yani 404 sayfası açılmadan sizi anasayfaya gönderecektir. Bu şekilde bir süre kalsın o arada webmaster araçlarında oluşan tüm 404 hatalarını da manuel olarak kaldırma isteğinde bulunun. Zamanlar azalacaktır.