Bildiğim kadarıyla cloud flare sadece dns yönlendirmesi yapıp gerekli ayarlarınızı yapıyorsunuz. Dosyalarınız kendi hosting'inizde çalışmaya devam ediyor. Eğer bu şekildeyse cloud flare ayarlarınızı kontrol edin hatalarınız bu sebepten oluşmaktadır.