Öncelikle siteniz hostta mı barınıyor, kendinize ait vps'iniz mi var ?
Kendinize aitse vps'iniz, 22 portundan ftp'ye girip php.ini'de "upload_max_filesize" değerini arttırabilirsiniz. Lakin hostta iseniz, bigdump.php kullanabilirsiniz, kullanımı basittir google'a yazarsanız mutlaka bulursunuz.
Bir ikinci işlem, yedek veritabanınızı bölümlere ayırabilirsiniz, bunu da google'dan araştırarak yapmanız mümkün, gerekli program ve materyaller var; onlarca.
Başarılar.