cPanel'den yönlendirmeyi;

http://site.com/* => https://site.com/*

ve

http://www.site.com/* => https://www.site.com/*

Şeklinde yönlendirme yapın. O zaman tüm URL'ler yönlenir.

Site haritanızı falan da kontrol edin. Robots.txt'de yazan sitemap adresinize bakın. Yazmıyorsa siz yazın: https://www.site.com/sitemap.xml olsun.