Putty ile bağlanıyorsun cd ile sitenin bulunduğu klasöre giriyorsun (public_html olur genelde). Verdiğim kodu orada çalıştırırsan içerisinde bulunduğun klasörde bulunan tüm dosyaları backup.tar adında bir arşiv yaparak yine public_html içerisine kaydeder.
Sonra ister ftp ile bağlanıp yedeği bilgisayarına indirirsin, ister sunucuda bir yere taşırsın. Ne yaparsan yap yani. Sitenin bulunduğu klasörün arşiv halinde yedeğini almayı anlattım. Bunu sormamış mıydın?