alan adınızı alias olarak eklemişler, senin istediğin bu değil, 2 seçeneğin var:
1- alias'ı iptal ettirip, domain panelinden yönlendirme yapmak.
2- alias öylece kalıp, .htaccess ile yönlendirme yapmak.

RewriteEngine on

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?domain.com$ [NC]

RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/altklasor/

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d

RewriteRule ^(.*)$ /altklasor/$1 [L]

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?domain.com$ [NC]
RewriteRule ^(/)?$ altklasor/index.php [L]