Böyle bir kullanım yok:
<script></script>

Eğer footer.php'ye ekliyorsanız ( ki önermem ) böyle kullanacaksınız.

<script>/player.js"></script>

Direkt olarak functions.php'den ekleyebilirsiniz. Onun içinde kod şöyle:

wp_enqueue_script( 'player', get_template_directory_uri().'/js/player.js', array( 'jquery'),'', true);

Anlamadığım diğer şey ise, php kodlarının JS dosyasının içinde ne işi var ?

Eğer php kodlarla birlikte çekeceğim diyorsanızda yöntem şu:

Tema dosyanızın içerisine player.php adında bir dosya oluşturup kodları onun içine aktarın.

Player'ın gelmesini istediğiniz yere de şu kodu yapıştırın olacaktır.