Bu gayet tabii bir durum. Güncelleme esnasında dosyalar silinir yerine yeni dosyalar yüklenir. Bu gibi durumlar için wordpress child tema denen kopya tema kullanmayı öneriyor. Güncellemeyi orjinal temada yaptıkdan sonra gerekli işlemleri kopya tema ile hallediyorsunuz.


https://codex.wordpress.org/Child_Themes