Yüzde %90 ihtimalle sunucunuzdan başka bir siteyi hackleyip sunucuda root olup tüm sitelere erişip db'den user bilgilerini çekerek tüm sitelere index atıyorlar. Sitede shell taraması nasıl yapılır - Sitede shell engelleme vb. aratmalar ile sorunu çözebilirsiniz. Tüm dosyalarınızı tarayıp gerekli silimleri yapın (notepad++) programını tavsiye ediyorum. Baktınız hala gelip gidiyolar sunucunuzu değiştirin...
Ayrıca http://www.yougetsignal.com/tools/web-sites-on-web-server/ bu linktende komşu olduğunuz sitelere bakabilirsiniz.