Anladım. Bu bir bot gibi birşeyle yapılmış sanırım. 3-4 tane index.php dosyası vardı. hepsi de 09:46:00 da değiştirilmiş ve hmod ayarları 755 olmuş. Hepsini temizledim. Bakalım tekrar olur mu. Ama büyük bir ihtimal script te açık var. Zaten açık olduğunu sanıyordum. Demekki varmış :)