Hangi taraftan bakarsan bak NTFS üstün gelecektir. exFAT dosya sistemi taşınabilir aygıtlar için tasarlanmış ve ticari bir sistemdir. (fotoğraf makinesi,Tv,Cep Telefonları) Hız olarak NTFS den üstün olması muhtemeldir. Fakat genel anlamda bakıldığında en kullanılabilir sistem NTFS dir. Ayrıca exFAT dosya sistemi daha fazla yer kaplayabilir.

Not olarak: NTFS mac sistemlerde default olarak sadece okunabilmekte, yazım işlemi yapılamamakta. exFat ise hemen hemen her sistemde desteklenir.