Alias kullanman gerekiyor, her iki tabloda da "id" geçiyorsa select kısmında şu ifadeyi kullanacaksın.

SELECT urunler.id as urunID,kategoriler.id as kategoriID FROM...

Böylelikle "urunler" tablosunun id'sini yazdırırken urunID diye kategorilerin id'sini yazdırırken kategoriID diye yazdırabilirsin.