if (is_category()){
//Burada kategori sayfasında gözükmesini istediğiniz menüyü çekersiniz
}else{
//burada genel kullandığınız menüyü çekersiniz
}
Header.php de yapacaksınız kontrolü. Bu kontrolle sayfanıın archive.php olup olmadığını kontrol edersiniz.