Farklı bir dosya oluşturun bootstrap için, bu sizin ana stil dosyanız da olabilir, aşağıdaki şekilde çekin kodları:

bootstrap.min.css
style.css

bootstrap içerisinde sorun çıkaran kodlar olursa style.css içinde o kodları bastırabilirsiniz. Yazdığınız kodlar bootstrap kodlarını engellemiyorsa !important ekleyebilirsiniz kodlarınızın sonuna.