yapılan işlem sayı1' in sayı2' ye bölümünden kalanı veriyor çünkü. php de aritmetik işleçler diye aratırsanız detaylı bilgiye ulaşırsınız(http://php.net/manual/tr/language.operators.arithmetic.php). % işareti değişkenlerin bölümünden kalanı verir.

kodu şu şekilde yaparsanız yine aynı sonucu verdiğini görürsünüz;

$isim = "sayi";
$n1 = "1";
$n2 = "2";
${$isim.$n1} = 12;
${$isim.$n2} = 5;
$sonuc = $sayi1 % $sayi2;
echo "$sonuc";