çünkü logoyu header'a değil sadece index.php'de göstermiş olabilirsin. Eğer öyleyse logonun kodunu index.php'den al header'a koy.
Evet hocam dediğiniz gibi header.php 'yi yanlış okuduğu için index dışındaki sayfalarda gözükmüyordu. wp dashboard'dan settings>general kısmlarında yazan "wordpress site url" ve "site url" adreslerini silip save tuşuna basınca sorunlar düzeldi.