Aralarındaki tek fark eğer tanımlanma yapılmamışsa çerez farkıdır.
www.siteismi.com ile siteismi.com tamamiyle farklı bir site olarak algılanmaktadır çerezlere tanımlanmamışsa. Siz www.siteismi.com girip kullanıcı girişi yaptığınızda siteismi.com da henüz giriş yapmamış olarak gözükürsünüz.

Sitenizde hangisinin kullanılmasını istiyorsanız onu kullanın. Ayrıca oradan seçim yaptıktan sonra htaccess ile www kaldırabilir veya bütün linklere www ekleyebilirsiniz.