2) Öncelikle mysqli yerine dbo kullanın ilerisi için ilk etapta hazır classlar yerine kendiniz öğrenin
3) Eğer laravel gibi framework kullanırsanız bunların içinde hazır olarak tema motorları gelir. Diğer şekilde hazır class veya kendiniz geliştirmeniz gerekli.
4) Scriptleri ayrı yazacağınıza laravel ile yazmanız daha iyi olur. Ancak yazmadan önce php hakkında orta seviye bilginiz olması gerekli yoksa laravel de zorluk çekersiniz.
5) Her kullanıcıya ayrı veritabanı vermek başlarda sorun yaratmaz ancak ileride sunucu masraflarını arttırır. Ve kontrol etmek güçleşir.
Ayrıca sub domaine gelirsek laravel gibi frameworkler de route sistemi mevcuttur böylece istediğiniz kadar alan adını yönetebilirsiniz.
Diğer bir seçenek ise ben bunlarla uğraşmam hazır olanı kullanırım derseniz arama kısmına "wordpress multisite" yazınız.