Uzun vadede evet. Domain otoriteni her zaman tek bir root ile sağlıyor olman gerekiyor. Bu tarz dalgalanmalar index sayın arttıkça problem doğuracaktır.
Bu domainlerin hepsini doğru htaccess kurallarıyla standart olarak kullandığın adrese yönlendirmelisin.
Önceki mesajlarda yazdıklarımı da yapmayı ihmal etme. :)