Kullandığınız mySQL Eklentisi ilerde kalkacak. Mysqli veya PDO eklentisini kullanarak veritabanı işlerinizi halletmelisiniz. Ama illa da şimdiki gibi Mysql kullanacaksanız sorun olmaz. Sonuca bir etkisi olmaz o uyarının.
Hatta kodun başına error_reporting(0); yazarak bu uyarının görünmesini engelleyebilirsiniz.