varchar ne alaka? Herhangi bir sayı değeri yapın. BIGINT işinizi görür sanırım.

Sunucuya kaydederken intval(str_replace(array('.'), '', '12.584.387')); şeklinde kaydedin. Rakam yerine kendi değerinizi girin tabi. Rakam olacağı için zaten normal bir şekilde sıralanacaktır.

Sunucudan çektiğiniz rakamları yine noktalı şekilde göstermek istiyorsanız

number_format($rakam , 0, ',', '.');

şeklinde kullanın.

Edit: YouTube'da en çok izlenen video 2.1 milyarı geçtiği için sunucuya kaydederken intval yerine floatval kullanmanız daha mantıklı.