Çözümü buldum.
IIS üzerinde siteye sağ tıklayıp "site bindings" e tıklıyoruz. Orda host name alanı boş olan, 80 portuna sahip bir kopya mevcut. Bunu kaldırıp start diyebiliyorsunuz.
Subdomain çok olduğu için plesk yapılan herhangi bir güncelleme işleminde servisleri düzgün başlatmıyor.