Örnek olarak wordpress olduğunu düşünelim. Subdomain üzerindeki yazıların aynısını ana domain üzerinden açınız, urller de aynı olursa iyi olur. Sonra subdomain htaccess'e ekleyeceğiniz kodlarla 301 kalıcı yönlendirme ile her eski subdomain yazı urlsini ana domaindeki yeni yerlerine yönlendirin. Zaten 10 gün içerisinde google eski linklerle yenisini değiştirecektir. Bu noktadan sonra subdomaini tamamen kaldırabilirsiniz. Bu bahsettiğim işlemi sağlıklı bir şekilde uygularsanız google açısından hiçbir sıkıntı yaşayacağınızı düşünmüyorum.

Ayrıca sorduğunuz soru seoculardan ziyade teknik olarak yönlendirmenin nasıl yapılaması gerektiğini bilenlerin uzmanlık alanı, onu da eklemek isterim :) Eğer hangi sistemi kullandığınızı yazarsanız daha detaylı fikir verebiliriz.